（一）送别喇嘛邬玛巴
（二）前往阿喀静修
（三）四力忏悔
（四）修曼陀罗供
（五）三十五佛现全身
（六）难行能行
（七）证无量不可思议的功德
《宗喀巴大师应化因缘集》
（一）送别喇嘛邬玛巴
壬申年秋末，嘛邬玛巴打算回西康，大师替他送行到拉萨。一路上，大师回想邬玛巴所给的恩德时，不禁潸潸泪下。三、四年来，由于邬玛巴的传述，才能得到文殊菩萨亲教的无量法义，如今一旦分别，不知能否再相见？大师想到这里，心里有无比的怅惘。
大师为了再请问文殊菩萨有关修行的最极要义，因此与喇嘛邬玛巴同往大招寺，广陈供养，殷诚启请。刹那间，文殊菩萨再度现殊妙身，为大师说许多甚深法义。大师全部把它记下来，存在大师的著作中。
这时，大师又从喇嘛邬玛巴，请受集密、不动如来等四种大灌顶。灌顶完成，两人真诚互道珍重后，才依依不舍的离开。喇嘛邬玛巴回西康，大师前往觉摩垅。
（二）前往阿喀静修
大师修学密法，至今已全部圆满，遂决定遵照本尊之指示，暂时放下弘法的事务，闭关专修。
大师住噶瓦栋时，曾由喇嘛邬玛巴代为请问本尊，问他将来闭关专修时，应带那些弟子共修较适宜，本尊证莂（以佛眼观察未来之种种因素后，而所的预言），叫大师携带胜贤、觉师子、宝幢、贤护、妙吉祥海慧、妙德吉祥、慧称、胜护等八人同往修持。
壬申年十月间，大师偕此八位弟子，自觉摩垅乘船到阿喀却垅（’ol-khachos-lung，在闻地以东的一个河谷），在极清净的地方专修六个月，前后历经冬春两季。
由于大师师徒持戒精严，举止安详，因而引生阿喀官家的信敬，供养闭关时一切生活所需。
（三）四力忏悔
初闭关时，大师心想：修行最大的障碍，就是往昔所造的罪障习气，它覆盖着清净心，使深道殊胜功德难以生起，又修行人若无广大的福德资粮，任他如何勤修智慧，也无法证得清净的佛位。因此，修行的基础，首重净治罪障，积集福德资粮。
开示四法经云：慈氏，若诸菩萨摩诃萨，成就四法，则能映覆诸恶已作增长。何等为四？谓能踊坏现行（拔除力）、对治现行（对治力）、遮止罪恶（防护力）及依止力。所以净治罪障，须依四力忏悔。
⑴拔除力
修行人要对自己无始以来所造的种种罪障，一一发露，痛加忏悔，决心改过。好比病人犯了绝症，急还应离病一样。
⑵依止力
修行人要念念皈依上师三宝，须臾不离，以上师三宝为真实救护处；又应发广大菩提心，誓愿学心诸大菩萨的广大心行，担负众生无知所犯的罪障。好比患病的人，若想治好病症，必须依靠高明的医生，和对症下药的药方一样。
⑶对治力
修行人要想除去罪障，必须依靠种种方法，如：
①依止甚深经典，胜解空义，了知众生本来就有清净的心，和罪性本空的道理，并相信只要如法痛加忏悔，罪障绝对可以清净。
②依照仪轨如法持诵百字明咒，或其他殊胜陀罗尼，并深信本尊有清除罪障的力量。
③供养诸佛、造立佛像，把所有功德回向一切众生，愿众生一切痛苦罪障永远枯竭。
④听闻受持诸佛名号、诸大佛子所有名号，以及念佛之身口意功德，深心响往，一意向学。
这些方法，就好像患病的人，若想除去疾苦，必须服药、打针、针灸一样。
⑷防护力
修行人，须严谨守护六根，静息十种不善，宁死不再重犯。这好比患病的人，虽然病好了，仍须注意饮食起居，小心防护，才不致误犯一样。
[虽然净治恶障的方法有很多，但如能具足以上所说的四力，则能事、理不偏废，圆满一切对治。]
因此大师与诸弟子们，一开始闭关，就同依此四力门，励力忏悔业障，不敢懈怠。
（当时西藏有些修学佛法的人，由于误解经义，往往对于最根本的事忏不屑一顾，而专骛理忏，认为只要不思善不思恶，或只念过去心不可得、现在心不可得、未来心不可得，就可消除一切罪障。结果有许多人，一旦业果来临时，无不捶胸顿脚，悔恨交加，但为时已晚矣！）
（四）修曼陀罗供
曼陀罗是印度话，义译为中围。中围有很多种解释，其中有认为中代表心，围代表取；中围的意思就是随自己内心的运作，取最喜爱的物品来供养。另外也有人认为，中就是须弥山，围就是四大部洲；中围就是取三千大千世界，和所有的七珍八宝拿来供养的意思。
修曼陀供一法，即具足布施、持戒、忍辱、精进、禅定、般若（智慧）等六度法，是积集资粮最殊胜的法门。所以印度和西藏的修行人，没有不修曼陀罗供的。尤其学金刚乘的人，更列为四加行之一，其重要由此可见。
修曼陀罗供的方法，是先以左手握一些米（或用豆、小麦等），执持曼陀罗的底边，再用右手抓一把米，依照仪轨撒在曼陀罗盘上，一边撒，一边诵赞，再以双手捧举曼陀罗，诵咒供养。然后将米倒掉，用右手腕部把曼陀罗盘擦干净，重新换米再修。
大师闭关时，以四方磐石作曼陀罗供。修持时，由于殷重至诚，勇猛精进，以致指尖全部破裂，腕部皮开肉绽，隐约可见白骨。本来曼陀罗盘上不清洁的地方，是用毡布等物擦拭的，但大师认为，修行如想尽快消除罪障，圆满资粮，当以极难苦行擦拭曼陀罗。因此大师开始修这个法时，先以腕部的前沿擦拭曼陀罗；磨破了，则用腕部的侧面擦拭；腕侧又磨破了，更以腕背擦拭。这样，大师虽至两腕全毁，痛苦椎心，却仍精进修持，努力不辍。
由于大师这种修法，能获得无量不可思义的功德，所以后来西藏不分那个教派，全部仿照大师的修法，以极难苦行，力修曼陀罗供。
（五）三十五佛现全身
大师闭关专修时，又在一块石板上，以大礼拜礼三十五佛。
大礼拜是礼佛之最恭敬礼，它不同于一般屈膝蜷体的跪拜。修大礼拜时，膝盖不弯，两手先着地，然后平身向前推进，直到整个身体伏贴地面后，头才碰地。修三十五佛忏，是一边礼拜，一边诵三十五佛名。因大师礼佛修忏不畏艰苦，一味精进，以致手足俱裂，并在石板上留下手脚膜拜的凹痕，和头额的印纹。
大师礼拜三十五佛时，常感三十五佛现身加持。然而他每次所见到的三十五佛，却全部没有头部。他觉得很奇怪，因此就此事请问本尊。本尊回答说：因为你所称念的佛号不具全，意念佛的功德不圆满，所以无法见到诸佛之圆满相。以后你必须在佛号前面，加诵《如来、应供、正遍知、明行足、善逝、世间解、无上士调御丈夫、天人师、佛、世尊》，如此方能见到全身的佛相。
大师自此以后，每次修忏时，教遵照本尊所教，如法念诵，果然每次都可看到三十五佛的圆满相，尊尊光明相好，庄严无比。于是大师依此，造三十五佛忏的修观仪轨。
在此之前，印度和西藏的修行人，所谓修三十五佛忏，只能依菩萨堕忏的仪文，一边诵佛，一边礼佛，而无观修之法。自从宗喀巴大师造修观仪轨之后，修法才算圆满，功德更为殊胜。
（六）难行能行
大师常利用修持剩下来的时间，阅读《华严经》。阅经以后，便以大菩提心，一一修习经中所说的大愿大行。
《华严经》中所说的菩萨行，对象广，愿心深，境界大，理念达于最高境界。修学者若无极大的勇气，与无比的担当和广阔的胸怀，是绝对不能发起大心，乃至做到这种无尽悲愿的。大师最初修习时，虽然稍感困难，但他意乐猛决，勇悍无比，因此逐渐纯熟，终至对诸菩萨的广大心行，不加费力自然能修。纵使是一种最难思议，又最难行的事，也不生起怯弱之心，还感到猛利欢喜。
大师认为，即身成佛这种大事，必须这样猛利修学，否则是绝无法成就的。
（七）证无量不可思议的功德
大师求道心甚坚，闭关专修时，虽至疲惫不堪，仍不敢稍有懈怠，一意严谨苦行。所以他在这段专修期间（壬申年冬在阿喀，癸酉年冬移往达布dvags-po地区的门垅sman-lung），曾获得许多佛菩萨的现身加持，和证无理不可思议的功德。
在阿喀时，大师曾见弥勒菩萨现高大身，全身纯金色，于宝座上结跏趺坐。身上有种种宝物作为庄严，两手当心，各执持一茎乌巴拉花，作双转法轮印。此外，又见释迦牟尼佛、药师佛，身披黄色法衣；见无量寿如来宣说种种法音，无量海会圣众菩萨层层围绕；见弥勒菩萨贤善坐相，身披袈裟，手拿龙树之花，花上有净水宝瓶，及千幅轮。
在达布门垅时，大师见文殊菩萨现广大身，威德巍巍，四周有无量海会圣众围绕。又见圣解脱母、圣尊胜母、圣光明母、圣白伞盖佛母等一切本尊。更见龙树、提婆、佛护、龙智、月称等深见派的一切宗师；无着、世亲、陈那、法称、功德光、释迦光，天王慧、莲花戒等广行派的一切大师。同时，还见到造箭等八十四位神通大成就者。
大师虽然获得如此希有难得的境界，但他仍然认为这些境象，全是意识所幻化，不可执实，因此时时以诸法如幻观照自心，毫无留碍。
这时，文殊菩萨现身教导他说：这种境界非比寻常，而是诸佛菩萨摄受之相。你应该至心向他们恳祷，祈赐一切成就，如此自然能得到自他二种究竟的利益。”
过了不久，大师又见到大威德金刚，身大威严，头部和各个手臂，都圆满无缺。又有一次，见文殊菩萨结跏趺坐，四周有无量不可思议的圣众围绕。菩萨心中，突然生出一口利剑，剑身逐渐增长，剑尖终至抵住大师的心窝。菩萨心中，又涌出黄色的甘露，顺着闪闪发光的剑面，徐徐流入大师的体内。此时，大师顿然感到全身舒畅，充满无漏妙乐。
诗曰：
四力业消忏悔根，修持礼拜福增源；
如来示现庄严相，成就菩提殊胜门。
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